De geschiedenis van Landgoed Baest gaat terug tot de dertiende eeuw, waarin de monniken van de Abdij van Berne de woeste gronden langs de Beerzen begonnen te ontginnen. Later kwamen deze gronden in het bezit van de Abdij van Tongerloo die de ontginningen voortzette, landerijen ontwikkelde en de eerste behuizingen bouwde. In de zestiende eeuw komt Baest in handen van het Bisdom Den Bosch, en diende het vooral als buitenplaats, en zelfs lusthof, voor de bisschoppen. In de zeventiende eeuw wordt Baest het bezit van opeenvolgende particulieren, totdat het eind achttiende eeuw in handen komt van de familie de la Court. Generaties lang neemt deze familie de verdere ontwikkeling van het Landgoed stevig ter hand. De bosbouw op Baest neemt een hoge vlucht. Er worden hoeves bijgebouwd, lanenpatronen langs de weilanden en wandelpaden langs de Beerzen worden aangelegd. Er ontstaat een zogeheten ornamental farm waar de bedrijfsactiviteiten worden ingebed in een esthetisch geheel, opdat het nuttige met het aangename wordt verenigd. Halverwege de negentiende eeuw wordt Huis te Baest verbouwd tot het huidige formaat.

In 1932 sterft Arnoldus de la Court kinderloos en volgt zijn neef Jan van de Mortel hem als eigenaar op. In 1962 wordt zijn zoon Jan-Hein van de Mortel de nieuwe eigenaar. Onder zijn krachtige regie breekt er een periode van innovatie aan. Gebouwen en tuinen worden gerestaureerd. De waterhuishouding wordt verbeterd. Biologisch dynamische landbouw doet zijn intrede op het Landgoed. Er wordt een natuurbegraafplaats aangelegd. In 2008 draagt Jan-Hein van de Mortel de eigendom over aan Stichting Landgoed Baest. Jan-Hein van de Mortel overlijdt in 2018.